Za swoją działalność Fundacja Dzieci Niczyje wyróżniona została wieloma nagrodami.
Najważniejsze z nich to:
- Nagroda w konkursie dla polskich organizacji pozarządowych Fundacji im. Stefana Batorego i Bankers Trust /1999/
- „Złoty Telefon” - honorowa odznaka Pogotowia dla Ofiar Przemocy w Rodzinie "Niebieska Linia" /1999/
- Wyróżnienie w III edycji konkursu Pro Publico Bono /2001/
- Nagroda Miasta Stołecznego Warszawy /2001/
- "Serce Dzieciom" – nagroda władz warszawskiej dzielnicy Praga Południe /2002/
- "ISPCAN 2004 Multidisciplinary Team Award" międzynarodowa nagroda dla organizacji zajmujących się problematyką krzywdzenia dzieci przyznawana przez International Society for Prevention of Child Abuse and Neglect /2004/
- Nagroda "Internetowy Obywatel Roku 2005" za wkład w budowę społeczeństwa obywatelskiego przyznawana przez organizację Internet Obywatelski /2005/
- Nagrody Ośrodka Pomocy Społecznej Praga Południe za realizację programu Dobry Rodzic – Dobry Start oraz Akademii Bezpiecznego Internetu (teraz: Dziecko w Sieci) /2007/
- Nagroda w X edycji Konkursu na Najlepsze Dzieło Obywatelskie Pro Publico Bono w kategorii Służba Bliźniemu /2008/
- Nagroda Honorowa Rzecznika Praw Dziecka Pro Infantis Bono /2009/
- Nagroda Ministerstwa Edukacji Narodowej Inicjatywa Edukacyjna Roku za projekt "3...2...1...Internet", przygotowany wspólnie z firmą Microsoft /2010/
- Nagroda im. Świętego Jana, przyznawana przez Fundację Świętego Jana Jerozolimskiego /2010/
- Odznaka Honorowa Rzecznika Praw Obywatelskich Za zasługi dla ochrony praw człowieka /2011/
- Statuetka Lidera Programu "RAZEM BEZPIECZNIEJ" 2011, Ministerstwo Spraw Wewnętrznych /2012/
